ChIP-seq與ChIP技術(shù)對(duì)比:原理、差異與適用場(chǎng)景解析
來(lái)源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺(tái)
染色質(zhì)免疫沉淀由普拉特澤生物分子實(shí)驗(yàn)平臺(tái)為大家總結(jié)分享。普拉特澤生物為廣大科研人員提供長(zhǎng)期穩(wěn)定的chip外包實(shí)驗(yàn)服務(wù),本文將為大家分享咱們技術(shù)團(tuán)隊(duì)長(zhǎng)期總結(jié)的內(nèi)容,從技術(shù)原理、數(shù)據(jù)產(chǎn)出和應(yīng)用場(chǎng)景等維度,對(duì)相關(guān)技術(shù)進(jìn)行專(zhuān)業(yè)對(duì)比分析~
染色質(zhì)免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是研究蛋白質(zhì)-DNA相互作用的核心技術(shù)。隨著測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,傳統(tǒng)ChIP(ChIP-chip)已逐步被ChIP-seq取代。我們將從技術(shù)原理、數(shù)據(jù)產(chǎn)出和應(yīng)用場(chǎng)景等維度進(jìn)行專(zhuān)業(yè)對(duì)比分析
技術(shù)原理對(duì)比
傳統(tǒng)ChIP技術(shù)(ChIP-chip)
? 檢測(cè)原理:通過(guò)抗體富集目標(biāo)蛋白結(jié)合的DNA片段,隨后采用微陣列芯片(chip)進(jìn)行雜交檢測(cè)
? 信號(hào)檢測(cè):基于熒光標(biāo)記的雜交信號(hào)強(qiáng)度
? 分辨率:受限于芯片探針設(shè)計(jì)(通?!?00 bp)
ChIP-seq技術(shù)
? 檢測(cè)原理:免疫沉淀后結(jié)合高通量測(cè)序(NGS)
? 信號(hào)檢測(cè):直接獲取DNA序列信息
? 分辨率:?jiǎn)螇A基精度(理論極限1 bp)
關(guān)鍵技術(shù)參數(shù)對(duì)比
優(yōu)先選擇ChIP-chip的情況
→預(yù)算有限的研究項(xiàng)目(成本降低30-50%)
→已知特定基因組區(qū)域的驗(yàn)證性實(shí)驗(yàn)(如啟動(dòng)子陣列)
→需要快速獲取定性結(jié)果的篩選實(shí)驗(yàn)
推薦ChIP-seq的場(chǎng)景
▲全基因組范圍的蛋白結(jié)合位點(diǎn)發(fā)現(xiàn)
▲需要單堿基精度的精細(xì)定位(如轉(zhuǎn)錄因子motif分析)
▲低頻結(jié)合事件的檢測(cè)(如增強(qiáng)子-啟動(dòng)子互作)
▲表觀遺傳修飾的全局圖譜構(gòu)建
技術(shù)發(fā)展趨勢(shì)
2023年Nature Methods統(tǒng)計(jì)顯示,ChIP-seq在高端期刊的采用率已達(dá)89%,主要得益于:
測(cè)序成本下降($50/樣本)
單細(xì)胞ChIP-seq技術(shù)的成熟
多組學(xué)整合分析需求增長(zhǎng)
建議
對(duì)于絕大多數(shù)現(xiàn)代研究,ChIP-seq在分辨率、靈敏度和數(shù)據(jù)質(zhì)量方面具有明顯優(yōu)勢(shì)。建議新建項(xiàng)目?jī)?yōu)先考慮ChIP-seq方案,而傳統(tǒng)ChIP-chip仍適用于特定驗(yàn)證性實(shí)驗(yàn)
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