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        大家好！SNP檢測方法匯總由普拉特澤生物為大家總結分享，上篇我們分享了SNP檢測最常用的三種檢測方法分別是Taqman探針法、直接測序法和ARMS-PCR法這三種方法，可以回去學習哦！普拉特澤生物表達檢測平臺專業(yè)承接SNP檢測實驗服務，各種方法隨您選擇！

        SNP標記具有很大的發(fā)展?jié)摿Γ粡V泛應用于生物、農(nóng)學、醫(yī)學、生物進化等眾多領域，在分子遺傳學、藥物遺傳學、法醫(yī)學以及疾病的診斷和治療等方面發(fā)揮著重要作用，現(xiàn)在我們就來看看除了最常用的三種檢測方法，其他的檢測SNP的方法：

        1、分子信標法

        分子信標是一段雙標記的寡核苷酸探針，其5’末端和3’末端分別標記熒光基團和淬滅基團，且探針5’端和3’端的部分堿基可互補配對，從而形成莖環(huán)結構，使得熒光基團和淬滅基團相互靠近而熒光信號較低。分子信標的環(huán)狀結構部分包含SNP檢測位點，當模板與分子信標環(huán)狀結構的核酸序列完全匹配時，分子信標可與模板雜交形成伸展狀態(tài)，從而導致熒光基團和淬滅基團的空間距離拉大，熒光信號增強，因此可被儀器檢測，并確定SNP位點。

       2、高分辨率熔解曲法

        高分辨熔解曲線分析技術(high-resolution melting analysis, HRM)是通過特定染料與擴增后產(chǎn)物結合后形成特定的熔解峰進行分析檢測的方法，其使用的特料為飽和熒光染料，具有更強的DNA結合能力，且不影響PCR擴增，在DNA解鏈過程中也不會發(fā)生重排，使得熔解曲線具有更高的分辨率。

        3、CAPS法

        酶切擴增多態(tài)性序列(Cleaved Amplified Polymorphic Sequence, CAPS)，又稱限制性片段長度多態(tài)性聚合酶鏈反應(PCR-RFLP)，是PCR技術與RFLP技術相結合的檢測方法。該方法基于DNA片段在酶切位點上的堿基變異，采用相應的限制性內(nèi)切酶，對該DNA片段的PCR擴增產(chǎn)物進行酶切，從而產(chǎn)生不同的電泳圖譜，由此確定SNP位點的堿基類型。但是CAPS僅能檢測位于酶切位點處的SNP，對于酶切位點以外的SNP則無法檢測。

        4、SNaPshot法

        SNaPshot是美國應用生物公司(ABI)開發(fā)的一種商業(yè)技術，是基于熒光標記的單堿基延伸原理，而建立起來的分型技術，該方法也被稱為小測序。其引物設計的關鍵是延伸引物的3’末端應緊挨著SNP位點，同時對不同SNP位點可設計不同長度的延伸引物，這樣便可通過引物長度區(qū)分SNP位點。

        5、質(zhì)譜法

        質(zhì)譜法是基于基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時間質(zhì)譜技術(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS)的檢測方法，其檢測過程中，需通過激光激發(fā)DNA分子片段, 再利用飛行時間判斷DNA片段的分子量大小，從而確定SNP位點。其檢測原理同樣使用了單堿基延伸技術，在多重PCR擴增時，其擴增產(chǎn)物將在SNP位點上終止延伸，形成不同分子量的檢測產(chǎn)物，再利用質(zhì)譜分析獲得圖譜，而不同分子量的延伸產(chǎn)物，在其對應的分子量位置上可查看檢測峰圖，由此確定SNP位點。

        6、KASP法

        KASP(Kompetitive Allele-Specific PCR)是基于引物末端堿基的特異性匹配對SNP進行檢測的方法，該方法在引物和探針設計上與常規(guī)熒光PCR不同，首先需針對SNP的等位基因設計兩條對應的上游引物，引物3’末端分別位于各自的SNP位點上，同時引物5’端各自帶有一段獨特的標簽序列，而下游引物則是一條常規(guī)設計共用的引物；其次，設計兩條與上游引物標簽序列一致的熒光探針，探針的5’端分別標記不同的熒光基團，同時對應于熒光探針設計各自互補配對的淬滅探針，并在淬滅探針的3’端標記淬滅基團。由此，在擴增未開始時，熒光探針與淬滅探針結合，熒光基團與淬滅基團相互靠近，而無法產(chǎn)生熒光信號。當設計的上游引物中有一條或兩條與模板完全匹配時，則可啟動擴增，其擴增產(chǎn)物再結合下游引物進行擴增，則形成含有標簽序列的DNA片段；該帶有標簽序列的DNA片段可與熒光探針結合，而熒光探針3’端可作為引物啟動擴增，最后形成帶有熒光標記的擴增產(chǎn)物，而且熒光探針對應的淬滅探針則在擴增過程中被切割掉，從而使得擴增過程的熒光信號增強，可對SNP位點進行檢測。

        7、基因芯片法

        基因芯片(gene chip)是指將大量針對SNP的寡核苷酸探針高密度地固定在一固相支持物表面，從而形成多重寡核苷酸微陣列，而經(jīng)熒光染料標記后的待測DNA片段，與芯片上固定好的探針陣列進行雜交反應，核酸片段只與其序列完全互補配對的探針雜交，不與含有單個錯配堿基的序列雜交，從而將目標序列固定下來，再通過清洗去除非目標片段，最后通過掃描檢測芯片上的熒光信號，由此確定SNP位點。

        好啦，那所有的SNP單核苷酸多態(tài)性我們就介紹到這里啦！如果您還有其他方法或者需要SNP實驗外包，歡迎留言哦~

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