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外泌體是胞內(nèi)多泡體與細(xì)胞膜融合后，釋放到細(xì)胞外的膜性小囊泡，是細(xì)胞間信號(hào)傳輸?shù)妮d體。2013年，諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)授予了三位科學(xué)家，表彰其在細(xì)胞間囊泡運(yùn)輸調(diào)控機(jī)制領(lǐng)域作出突出貢獻(xiàn)，將外泌體研究的熱度推向高潮。近幾年外泌體成為科研熱點(diǎn)，相關(guān)論文發(fā)表數(shù)量呈爆炸式增長(zhǎng)。

也許很多老師苦于外泌體研究如此火爆卻無從介入

其實(shí)，外泌體就是一種特殊的研究對(duì)象，幾乎所有生物研究領(lǐng)域，都可以全新的視角從外泌體角度深入挖掘，給自己的研究錦上添花！幫大家盤一盤外泌體數(shù)據(jù)庫，看看您是不是可以從這些數(shù)據(jù)庫中找到一些靈感和研究基礎(chǔ)。

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ExoCarta數(shù)據(jù)庫（http://www.exocarta.org/）

ExoCarta是首個(gè)外泌體標(biāo)志物綜合數(shù)據(jù)庫，由小恩家首席科學(xué)家Simpson教授團(tuán)隊(duì)建立，是一個(gè)開放的數(shù)據(jù)庫平臺(tái)，收錄了包括人、大鼠、小鼠、綿羊、豚鼠、果蠅、馬、穴兔、牛在內(nèi)的幾個(gè)物種共286個(gè)研究結(jié)果；涉及到不同組織器官來源的外泌體蛋白，mRNA，miRNA，脂類等信息。ExoCarta數(shù)據(jù)庫的典型特點(diǎn)就是具有外泌體蛋白動(dòng)態(tài)的蛋白與蛋白之間相互關(guān)系網(wǎng)以及生物學(xué)通路。用戶可以從大量的研究中下載最常用的蛋白數(shù)據(jù)。下載的文件可直接導(dǎo)入FunRich工具，進(jìn)行其他的功能富集和相互關(guān)系網(wǎng)分析。該數(shù)據(jù)庫已經(jīng)被超過16000名獨(dú)立研究人員使用。

2

exoRBase（http://www.exorbase.org/）

exoRBase是人類血液外泌體長(zhǎng)鏈RNA-seq數(shù)據(jù)庫，同時(shí)也包括已發(fā)表文獻(xiàn)的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。該數(shù)據(jù)庫目前共收錄92例血液樣本，58330個(gè)circRNA、15501個(gè)LncRNA和18333個(gè)mRNA，并提供了注釋、表達(dá)水平和可能的來源組織。exoRBase主要特點(diǎn)是對(duì)標(biāo)準(zhǔn)化RNA-seq數(shù)據(jù)的RNA表達(dá)譜進(jìn)行了整合和可視化。數(shù)據(jù)涵蓋了健康對(duì)照者32例，冠狀動(dòng)脈心臟疾?。–HD）6例，結(jié)腸癌（CRC）12例，肝細(xì)胞癌（HCC）21例，胰腺腺癌（PAAD）14例，乳腺癌2例。

3

EVmiRNA（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA）

EVmiRNA，顧名思義，一種細(xì)胞外囊泡（EVs）的miRNA數(shù)據(jù)庫，收錄了17種器官或疾病462個(gè)EVs小RNA測(cè)序樣本miRNA表達(dá)譜。該數(shù)據(jù)庫提供了3種功能性模塊：(i) miRNA表達(dá)情況及EVs來源樣本信息（如血液，乳汁等）；(ii)不同EVs種特異表達(dá)的miRNA，便于biomarker篩選研究；(iii)miRNA注釋信息包括EVs中miRNA表達(dá)情況，TCGA癌癥類型，miRNA調(diào)控通路以及miRNA功能及相關(guān)文獻(xiàn)，為細(xì)胞外囊泡的miRNA研究提供重要資源。

4

EV-TRACK（http://www.evtrack.org/）

EV-TRACK是以Thery為首的EV-TRACK聯(lián)盟建立的EVs研究透明報(bào)告在線數(shù)據(jù)庫，其中包含了EVs相關(guān)文獻(xiàn)的方法學(xué)參數(shù)，基于MISEV（EVs研究最小實(shí)驗(yàn)要求）評(píng)估EVs分離及鑒定相關(guān)參數(shù)。該數(shù)據(jù)庫的建立旨在規(guī)范EVs研究，便于將實(shí)驗(yàn)規(guī)范應(yīng)用于實(shí)際研究中，對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行解釋和重復(fù)。

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EVpedia （http://evpedia.info）

EVpedia是一個(gè)原核和真核生物EVs的高通量數(shù)據(jù)綜合數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫提供原核生物、非哺乳類真核生物和哺乳動(dòng)物囊泡組分（蛋白質(zhì)、mRNA、miRNA、脂質(zhì)）的高通量分析數(shù)據(jù)。除此之外，該數(shù)據(jù)庫還提供了一系列分析工具，可用于檢索和瀏覽囊泡成分、Gene Ontology富集分析、囊泡蛋白和mRNA的網(wǎng)絡(luò)分析，以及通過直接同源鑒別比較囊泡數(shù)據(jù)。同時(shí)，該數(shù)據(jù)庫中還列出EVs研究的相關(guān)文獻(xiàn)。這個(gè)免費(fèi)的數(shù)據(jù)庫可以作為EVs研究進(jìn)展的一個(gè)基本資料庫，有助于闡明這些復(fù)雜胞外囊泡的新功能。

6

Vesiclepedia（http://www.microvesicles.org/）

Vesiclepedia是一個(gè)EVs分子數(shù)據(jù)（脂質(zhì)、RNA和蛋白質(zhì)）的手工檢索數(shù)據(jù)庫，收錄了41個(gè)物種的1254個(gè)獨(dú)立研究，349988個(gè)蛋白，27646個(gè)mRNA，10520個(gè)miRNA、639個(gè)脂質(zhì)條目，還可以根據(jù)物種、囊泡、分子和樣品類型瀏覽和檢索。

該數(shù)據(jù)庫是公開的，允許用戶根據(jù)不同的搜索標(biāo)準(zhǔn)查詢和下載EV cargo、 EV分離和表征模式，生物物理和分子特性以及EV-METRIC，幫助生物醫(yī)學(xué)科學(xué)家評(píng)估EV制劑的質(zhì)量，獲得的相應(yīng)數(shù)據(jù)。此外，基于FunRich的Vesiclepedia插件可以幫助用戶進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。

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EMBL-EBI外泌體數(shù)據(jù)庫（http://www.ebi.ac.uk/GOA/exosome）

EMBL-EBI外泌體數(shù)據(jù)庫是一款針對(duì)人類外泌體蛋白GO功能分析的綜合注釋數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫與實(shí)驗(yàn)室研究人員（Dr S Mathivanan - La Trobe Institute, Dr A Kalea - UCL）及外泌體數(shù)據(jù)庫Exocarta (http://www.exocarta.org/) 和Vesiclepedia緊密合作，識(shí)別用于聚焦注釋的靶蛋白以及外泌體實(shí)驗(yàn)方法學(xué)的注釋。

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Urinary Exosome Protein Database （https://hpcwebapps.cit.nih.gov/ESBL/Database/Exosome/）

Urinary Exosome Protein Database——尿液外泌體蛋白數(shù)據(jù)庫是基于上皮系統(tǒng)生物實(shí)驗(yàn)室（ESBL）已發(fā)表的蛋白質(zhì)譜數(shù)據(jù)建立的數(shù)據(jù)庫，所有數(shù)據(jù)均來源于健康志愿者尿液外泌體。這個(gè)數(shù)據(jù)庫包含了用兩種不同的質(zhì)譜儀來鑒定人類尿外泌體的蛋白質(zhì)。

本文來自：科研小助手整理自幫研網(wǎng)、生物醫(yī)學(xué)科研之家