酵母雙雜交常見問題及解決方法上【酵母雙雜外包】
來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺
大家好,今天普拉特澤生物跟大家一起學(xué)習(xí)的是酵母雙雜實驗的常見問題及解決方法上篇,酵母雙雜交實驗作為普拉特澤生物分子檢測平臺的常規(guī)實驗,在上百例酵母雙雜實驗外包中,積累了大量的實操經(jīng)驗。酵母雙雜交實驗過程有時遇到非常多的問題,本文就把這些實驗的常見問題解決方法分享給大家!
問題一:滅菌后酵母培養(yǎng)基顏色變成棕褐色怎么辦?
SD系列的培養(yǎng)基預(yù)混了葡萄糖,在滅菌過程中由于滅菌時間較長,或者滅菌后在高溫條件下長時間放置,引起培養(yǎng)基中葡萄糖碳化,導(dǎo)致顏色變深。通常情況下,對酵母培養(yǎng)不會產(chǎn)生較大影響(對個別畢赤酵母菌種影響較大),可以通過控制滅菌時間和滅菌溫度來減少碳化程度,如118℃滅菌15分鐘,并及時倒板。另外Coolaber產(chǎn)品中SC系列酵母培養(yǎng)基,不包含葡萄糖,需要將過濾除菌的葡萄糖加入滅菌后的酵母培養(yǎng)基中,這種方法配制的培養(yǎng)基,呈現(xiàn)透明偏白色。
問題二: 酵母培養(yǎng)基不凝膠,或者凝膠硬度不夠怎么辦?
調(diào)整酵母篩選培養(yǎng)基的pH(5.8); 適當(dāng)增加瓊脂(建議量20g/L)。2019年后Coolaber公司出品的酵母培養(yǎng)基,只需要加入適量的去離子水,無需調(diào)pH,直接滅菌即可。
問題三:培養(yǎng)過程中酵母細(xì)胞變成粉色的可能原因。
培養(yǎng)基中腺嘌呤(Ade)濃度低;或酵母細(xì)胞代謝途徑產(chǎn)生問題。一般通過往培養(yǎng)基中補加硫酸腺嘌呤(60mg/L)來改善這一情況。Coolaber所有酵母培養(yǎng)基均加入足夠的腺嘌呤。實際操作中,酵母變粉色也并不影響蛋白間的相互作用。
問題四:酵母細(xì)胞生長慢怎么辦?
可能原因:酵母表達(dá)的誘餌蛋白對細(xì)胞有毒害作用,影響酵母生長。
解決辦法:可通過選擇低敏感性的酵母菌株;或選用低拷貝數(shù)的表達(dá)載體。
問題五:誘餌蛋白對酵母細(xì)胞是有毒的,該怎樣進(jìn)行后續(xù)實驗?
在液體培養(yǎng)基中培養(yǎng)不好的菌株可以在固體培養(yǎng)基上生長得很好。首先重懸克隆于1mL的SD/–Trp(PM2251),接著將重懸液平鋪于5 個100mm的SD/–Trp平板(PM2252),在30℃下溫浴,直至平板上的克隆相互連在一起。用5mL 0.5X YPDA(PM2011)刮下每塊板上的克隆,并收集到一管中,這樣就可以使用這個細(xì)胞重懸液進(jìn)行正常的雜交反應(yīng)。
問題六:篩選培養(yǎng)基上克隆太多怎么辦?
可能原因:可能誘餌蛋白存在自激活,自身就可以激活下游篩選標(biāo)記的表達(dá);或者是篩選條件過于寬松。
解決辦法:選用更為嚴(yán)格的篩選條件抑制誘餌蛋白的自激活活性,如果效果不理想,可以刪除誘餌蛋白能夠引起自激活活性的結(jié)構(gòu)域,再用于酵母雙雜交實驗。
問題七:篩選培養(yǎng)基上克隆太少怎么辦?
可能原因:酵母雜交效率低;或篩選條件太嚴(yán)格
解決辦法:延長雜交時間,提高雜交效率;放寬篩選條件。
問題八:酵母質(zhì)粒提取比較繁瑣,有沒有好的替代方法?
Coolaber出品的酵母陽性克隆快速鑒定試劑盒(SK2420)僅僅需要高溫加熱酶解酵母菌3-5分鐘就可以獲取酵母質(zhì)粒粗提物,完全可以用于PCR驗證。
問題九:獲得的陽性克隆,PCR檢測有多條片段。
可能原因:一個酵母細(xì)胞可以包含多個捕獲蛋白。
解決辦法:選取單克隆劃板2-3次,進(jìn)行藍(lán)白斑篩選,直到?jīng)]有分離,找到陽性克隆,用于后續(xù)實驗。
問題十:雜交效率不高,怎么辦?
效率不高,可能是雜交細(xì)胞數(shù)量不夠,可以適當(dāng)增加誘餌蛋白的液體培養(yǎng)量,保證有足夠的細(xì)胞數(shù)量。也可以延長雜交時間,直至通過顯微鏡鏡檢觀察到存在三葉草形狀的合子產(chǎn)生,再進(jìn)行后續(xù)操作。
好啦,那關(guān)于酵母雙雜交實驗的常見問題上篇咱們就介紹到這里啦,如果沒有您遇到過的問題可以看一看《酵母雙雜實驗常見問題下篇》,或者直接留言給客服,技術(shù)會一對一詳細(xì)技術(shù)答疑的哦。如果您有酵母雙雜實驗外包的需求,請認(rèn)準(zhǔn)——普拉特澤生物!